Лет после его боя с Саннин, когда Группа ниндзя начал поиски до конца войны с помощью нетрадиционных средств в его стране, Хандзо рассматривали их как угрозу своей власти и стремятся избавиться от них. Он объединился с Konoha's Корневая Организация, чтобы убить лидера группы, Яхико. Он заманил Яхико на заседание, где он заставил Нагато, Партнеру Яхико's, чтобы убить Яхико в обмен на Конан'S жизни.

Однако, Яхико покончил жизнь самоубийством, Impaling себя по Kunai Нагато на запасные своему другу боль и тяжесть убить его самого. Нагато убой Хандзо силами в отместку вместе с корневой Shinobi, которые пришли на помощь Хандзо. После короткой стычки с Нагато, Хандзо скрылся с места происшествия понимая, что он не может заниматься Нагато, когда он был настолько возмущен и тем самым избежали.

Nagato под псевдонимом "Боль", Позже начала гражданской войны в Amegakure. Он в одиночку убил Хандзо, его семьи и его слуг, а затем провели систематический геноцид, что кто-нибудь хотя бы отдаленно связанного с Хандзо, вплоть до прекращения послов из сел Хандзо было связано с ним.